總體而言，《龍門飛甲》有得有失。在視覺效果上進步明顯，但在故事上卻失落了武俠片的精髓所在。
多年來，徐克最令人稱道的地方之一就是一直保持著對于電影事業的高度熱情和創新精神。從上個世紀香港電影新浪潮里的先鋒，到香港電影黃金時期的領導者，再到新世紀電影的“技術控”，徐克的不斷探索和改造精神令人印象深刻。
《龍門飛甲》給人的直觀印象就是典型體現了徐克在電影技術方面的進步，3d技術的運用為本片增色不少。從影片開場氣勢十足的戰船的長鏡頭，一直到片尾驚心動魄的龍卷風大戰，影片在視覺上的效果可以用“震撼”來形容。
值得一提的是，在如何將武俠片這一華語片特有類型利用3d技術完美展現上，徐克頗費心思。譬如片中頗多以長劍近距離格斗甚至是刺向鏡頭的畫面，目的是突出動作和武器的直觀效果，增強觀影體驗。此外，由于暗器的速度感和立體感較強，更適合3d效果予以展現，因此片中有大量使用暗器的鏡頭，使用暗器的高手之多幾乎也是其他武俠片難以企及的。可以說，徐克將武俠片與最新的電影技術實現了有機結合，無疑值得肯定。
不過，徐克太過醉心于技術的改造而忽略了對于故事的進一步錘煉，也成為他近些年來的一些作品的通病。在故事上，《龍門飛甲》也延續了之前兩部《龍門客棧》中江湖人士與東西廠之間的恩怨的背景設定，在此基礎上又有所改造。客觀而言，影片中的一些情節——如眾人設計令西廠自相殘殺以及陳坤一人分飾兩角等——都是亮點，但是，影片在敘事上過于散漫，過分追求視覺效果卻忽略了人物形象的塑造，使得一些主要角色如李連杰(微博)飾演的趙懷安等人缺乏鮮明個性。此外，徐克這一次在他擅長的兒女情長上也未能交足功課，片中兩個主要人物趙懷安與凌秋雁的感情戲份幾乎乏善可陳。
此外，為了“求新”，徐克特意在故事中加入了“古墓奪寶”和一個港片中常見的“無間道”的情節，但這些設定看起來都值得商榷：范曉萱(微博)的“臥底”形象雖然滿足了影片追求情節曲折的需要，但由于鋪墊不夠而顯得經不起推敲；而“群雄奪寶”的情節雖然可以使得影片的場景更為浩大，也能更好地為特效服務，卻使得影片的主題有些“變質”，與影片的俠義精神有所背離。
總體而言，影片有得有失。在視覺效果上進步明顯，但在故事上卻失落了武俠片的精髓所在。影片既沒有胡金銓的《龍門客棧》里濃厚的文化底蘊和人文色彩，又失去了徐克自身參與《新龍門客棧》里令人血脈賁張的俠義精神。徐克在技術上一次次地完成了對于自己的超越，但是在他所擅長并發揚光大的武俠片這一類型上，卻只能說是躑躅不前。
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